COVID-19 diagnosis by RT-qPCR in alternative specimens

BACKGROUND The high demand for adequate material for the gold standard reverse transcription real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR)-based diagnosis imposed by the Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, combined with the inherent contamination risks for healthcare workers during nasopharyngeal swab (NP) sample collection and the discomfort it causes patients, brought the need to identify alternative specimens suitable for the diagnosis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). OBJECTIVES The aim of this work was to compare saliva and gingival fluid swabs to NP swabs as specimens for RT-qPCR-based SARS-CoV-2 diagnosis. METHODS We compared gingival fluid swabs (n = 158) and saliva (n = 207) to the rayon-tipped NP swabs obtained from mild-symptomatic and asymptomatic subjects as specimens for RT-qPCR for SARS-CoV-2 detection. FINDINGS When compared to NP swabs, gingival fluid swabs had a concordance rate of 15.4% among positive samples, zero among inconclusive, and 100% among negative ones. For saliva samples, the concordance rate was 67.6% among positive samples, 42.9% among inconclusive, and 96.8% among negative ones. However, the concordance rate between saliva and NP swabs was higher (96.9%) within samples with lower cycle threshold (Ct) values (Ct > 10 ≤ 25). MAIN CONCLUSIONS Our data suggests that whereas gingival fluid swabs are not substitutes for NP swabs, saliva might be considered whenever NP swabs are not available or recommended.

Influenza A virus infection of healthy piglets in an abattoir in Brazil: animal-human interface and risk for interspecies transmission

Asymptomatic influenza virus infections in pigs are frequent and the lack of measures for controlling viral spread facilitates the circulation of different virus strains between pigs. The goal of this study was to demonstrate the circulation of influenza A virus strains among asymptomatic piglets in an abattoir in Brazil and discuss the potential public health impacts. Tracheal samples (n = 330) were collected from asymptomatic animals by a veterinarian that also performed visual lung tissue examinations. No slaughtered animals presented with any noticeable macroscopic signs of influenza infection following examination of lung tissues. Samples were then analysed by reverse transcription-polymerase chain reaction that resulted in the identification of 30 (9%) influenza A positive samples. The presence of asymptomatic pig infections suggested that these animals could facilitate virus dissemination and act as a source of infection for the herd, thereby enabling the emergence of influenza outbreaks associated with significant economic losses. Furthermore, the continuous exposure of the farm and abattoir workers to the virus increases the risk for interspecies transmission. Monitoring measures of swine influenza virus infections and vaccination and monitoring of employees for influenza infection should also be considered. In addition regulatory agencies should consider the public health ramifications regarding the potential zoonotic viral transmission between humans and pigs.

Genotyping of human parvovirus B19 in clinical samples from Brazil and Paraguay using heteroduplex mobility assay, single-stranded conformation polymorphism and nucleotide sequencing

Heteroduplex mobility assay, single-stranded conformation polymorphism and nucleotide sequencing were utilised to genotype human parvovirus B19 samples from Brazil and Paraguay. Ninety-seven serum samples were collected from individuals presenting with abortion or erythema infectiosum, arthropathies, severe anaemia and transient aplastic crisis; two additional skin samples were collected by biopsy. After the procedure, all clinical samples were classified as genotype 1.

Receptor-binding variants of H3N2 influenza A viruses: characterization of their sialidase activity towards different substrates

A atividade sialidásica do vírus influenza tem uma atividade essencial sobre glicoproteínas celulares, permitindo a disseminação de infecções virais por prevenir a auto-agregação entre partículas virais e a re-ligação vírus-célula. Duas amostras variantes purificadas de vírus influenza A/Memphis/102/72 (H3N2), reconhecidas por sua atividade de ligação a receptores apresentando estruturas como a2,6 ou a2,3-sialilactose, foram analisadas por sua atividade sialidásica sobre diferentes substratos naturais e artificiais. A amostra M1/5 mostrou maior atividade sialidásica sobre fetuína (D.O.=0,226), MPN (D.O.=0,110) e eritrócitos humanos (10.240 unidades hemaglutinantes/ml), enquanto a atividade da amostra M1/5HS8 foi expressa por D.O.=0,129, D.O.=0,065 e 2.560 unidades hemaglutinantes/ml quando usados, respectivamente, fetuína, MPN e eritrócitos humanos como substratos. Contudo a amostra M1/5HS8 exibiu uma atividade sialidásica mais significativa sobre mucina quando comparada à amostra M1/5; a atividade enzimática da primeira amostra foi responsável pela liberação de 3,5 nmol de ácidos siálicos livres, enquanto a última produziu 16,5 nmol de ácidos siálicos livres.

Glycosylation influencing on fusion activity of HA and HEF structures of influenza viruses

Desde os tempos mais remotos, os vírus influenza têm sido o agente causal de doenças respiratórias letais. O seu processo de replicação ocorre nas células epiteliais do trato respiratório, causando uma síndrome respiratória aguda, na qual as glicoproteínas hemaglutinina (HA) e hemaglutinina-esterase-fusão (HEF), ancoradas na superfície dos vírus influenza A e C, respectivamente, são responsáveis pelos processos de fusão durante o ciclo de replicação viral. Ao contrário dos processos de adsorção, sialidase e esterase, atividades inatas desempenhadas por estas mesmas estruturas, a fusão depende de uma glicosilação e clivagem protéica prévias, para que o vírus se torne infeccioso. A glicosilação das proteínas de superfície está associada principalmente com a antigenicidade e com a estabilidade das proteínas de fusão. O presente trabalho analisa a influência da de-glicosilação sobre a atividade de fusão, usando vírus influenza A e C como modelos de estudo. A de-glicosilação parcial provocou significativa redução da atividade fusogênica, induzindo uma redução de 51,0 por cento, 87,5 por cento, 95,5 por cento e 79,3 por cento em relação às amostras de vírus influenza A/Memphis/102/ 72, A/FM/1/47, C/Taylor/1233/47 e C/Paris/1/67, respectivamente, acarretando também eventuais aumentos desta atividade biológica para certas amostras: 10,15 por cento (pH 5,8), 59,47 por cento (pH 5,8), 32,55 por cento (pH 5,8) e 80,7 por cento (pH 5,4) com relação às amostras de vírus influenza A/Memphis/102/72, A/FM/1/ 47, C/Taylor/1233/47 e A/Paris/1/67, respectivamente. Os resultados permitem concluir que o nível de glicosilação mostra-se estreitamente relacionado com a estabilidade das proteínas, causando o processo deglicosilação uma influência significativa sobre a atividade fusogênica viral.

Parainfluenza virus type 1 variants: analysis of hemagglutinating, neuraminidase and fusion activities

A existência e o caráter de variantes ou subpopulaçöes derivadas de uma amostra padräo de vírus Sendai foram estudados, usando duas amostras de vírus Sendai selecionadas por técnica baseada na atividade de ligaçäo e receptores, a qual é apresentada por aqueles vírus. Foram estudados o comportamento biológico da neuraminidase de duas diferentes amostras Sendai de vírus parainfluenza tipo 1, sua pH-dependência, cálcio-dependência e relaçäo com as capacidades hemaglutinante e hemolítica. Foi observado que ambas as amostras, aquela considerada como semelhante à padräo e aquela obtida por propagaçäo de subpopulaçäo adsorvida à eritrócitos, mostravam mais significativas atividades hemaglutinante e sialidásica em valores de pH entre 5.0 e 7.0. A amostra considerada como semelhante à padräo, embora näo mostrasse qualquer atividade hemaglutinante frente a hemácias humanas do grupo O, era capaz de mostrar uma atividade sialidásica significativa. A atividade sialidásica revelava cálcio-dependência e relacionamento com a atividade hemolítica. A baixa taxa de hemólise exibida poderia ser explicada pela eficiente atividade sialidásica de estruturas HN sobre receptores celulares, os quais seriam essenciais para o processo de fusäo. As amostras mostravam caráteres diferentes quanto às atividades hemaglutinante e sialidásica, o que sugeriu que a seleçäo de diferentes variantes ou subpopulaçöes, uma observaçäo já feita por alguns autores, seria muito importante de ser compreendida, para um eficiente direcionamento dos processos de diagnóstico e de seleçäo de amostras virais vacinais

Myxo and paramyxovirus surface structures: antigenic and functional studies

Amostras de vírus da Doença de Newcastle (cepas SO-93, B1 e La Sota) e da Influenza (cepa A/PR/8/34 (H1N1) foram analisadas especificamente quanto à presença de carboidratos específicos, de comprovada importância no processamento das atividades biológicas virais. As amostras virais foram concentradas por sedimentaçäo, avaliadas quanto ao seu teor proteico e título hemaglutinante e, entäo, estudadas quanto aos seus resíduos carboidratos. O estudo realizado com uso de lectinas e açúcar específico (inibidor de Concanavalina A) revelou a importância e especificidade do caráter carboidratado de estruturas peptídicas de superfície viral, o que pode ser observado através da inibiçäo do aparecimento das linhas de precipitaçäo entre Concanavalina A e soro específico para vírus da Doença de Newcastle

Influência do pH na atividade hemolítica de uma amostra aviária de vírus influnza A / Influence of pH on hemolytic activity of an avian sample of influenza a virus

A atividade de fusäo, depende de pH, de uma amostra aviária de Vírus Influenza A com eritrócitos de galinhas, foi investigada usando oteste de hemólise (HL). Este teste é baseado na quantificaçäo de hemoglobina (Hb) liberada como consequência da fusäo vírus/eritrócito. A atividade hemolítica desta preparaçäo viral pode ser demonstrada na faixa de pH ácido (5.0-5.8), o que está relacionado à ocorrência de uma mudança conformacional nas moléculasda hemaglutinina (HA) sob estas condiçöes. A atividade fusogênica era rapidamente inativada após incubaçäo do vírus, em pH ácido, a 37 graus C, na ausência de eritrócitos, sugerindo que a mudança conformacional da HA do vírus pode ser responsável pela ativaçäo e/ou inativaçäo da capacidade fusogênica. O estudo da reaçäo de HL mostra que elevando-se a concentraçäo de eritrócitos, enquanto a concentraçäo de vírus permanece constante, pode-se observar um aumento na liberaçäo de hemoglobina (Hb), o qual sugere que, provavelmente, os vírus tiveram a chance de encontrar um maior número de células susceptíveis. Uma vez que a Hb em soluçäo muda de tonalidade em funçäo do pH em que se encontra, um fator de correçäo foi utilizado após o ensaio colorimétrico.

Study of an ornamental bird flock over a period of three years: incidence of avian influenza viruses

Os pássaros aparentemente saudáveis, durante o período de investigaçäo, tiveram suas fezes coletadas e inoculadas em ovos embrionados. A identificaçäo dos isolados foi feita por teste de imunodifusäo dupla (DI), inicibiçäo de hemaglutinaçäo (HI) e inibiçäo de neuraminidase (NI). O estudo de uma comunidade de aves ornamentais resultou no isolamento de 11 amostras de vírus Influenza A, subtipos H6N2 e H7N1, em 360 amostras de fezes examinadas. Casos de isolamentos ocorreram de Maio a Setembro e de Novembro a Janeiro. Eles mostraram relaçäo sorológica com amostras A/Hong Kong/68 e A/FM/1/47 com fórmula antigênica H3N2 e H1N1, respectivamente